作为公立研究型大学的精英，石溪大学拥有悠久和丰富的的高等教育经验。石溪大学研究生院提供48个学科和跨学科的研究生课程。该院现有150个研究生项目，872名研究人员，1822个赞助研究奖。研究生院提供包括文学、工商管理、美术、音乐、和理学学术学位。该院的课程涵盖生物医学工程、土木工程、新闻、数学、材料科学、社会福利等众多学术领域。

为加强学术界的多元化和包容性，促进多样性的知识研究，研究生院于2002年成立了全纳教育中心（CIE），该中心是石溪大学研究生院致力于推动研究生教育，学术界和科学劳动力多元化的标志。 CIE致力于招募，保留和培养代表性不足的少数民族和其他弱势学者。全纳教育中心对学者们提供了多项经济援助和社会支持，其中包括ResearchCafé主题餐厅系列，各种演讲者系列和学生导师社区计划。CIE致力于提高教职员工合作，增强各自部门的多样性，并在国家层面开展学术研究活动和项目评估，这些努力也得到了国立卫生研究院，国家科学基金会和纽约州的一些拨款的认可。 CIE现拥有500多名校友和150名学者。

石溪大学研究生院还为博士研究提供了各种极具竞争力的资助机会，如教学和研究助学金，研究生奖学金，W.博格哈特博士特纳奖学金和创业板奖学金。研究院的博士生还可以竞争各种石溪大学的其他奖学金和奖励。