UCSD-USTC

该校与中国科学技术大学开展有一系列合作项目，包括华南雾霾的物质来源和形成机制、特大地震破裂规律等，并取得重要进展。

UCSD中国创新中心

在广东省与美国加州建立友好省州关系即将满月之际，天河区与加州大学圣迭戈分校在天河智慧城合作建设UCSD中国创新中心，着力打造科技研发高地、高端人才培训基地和高新技术产业孵化器。

UCSD-NSYSU

该校自21世纪起与国立中山大学结盟，两校同为校史较短、海洋学特长、位于风景区又毗邻港口的公立研究型大学。中山大学作为南台湾智库，设有美国在中国台湾唯一的半官方机构“美国中心”，同美国交流密切，双边学术交流及研究合作已逾10年。“UCSD-NSYSU双边学术研讨会”由两校轮流举办，涉及智慧城市、气胶科学、生医科学、光电材料、海洋科学及社会科学等领域。

2018年，下属Scripps海洋研究所（Scripps Institution of Oceanography）再与该校及国立海洋生物博物馆签署合作备忘录，三方共同宣示未来将就海洋生物多样性、珊瑚与其共生藻的关系、珊瑚礁物种繁殖与养殖，以及海洋天然物的开发等四大重点项目进行研究，以跨国规模的学术合作联手抢救海洋生态。2019年亦合作“领导力培育计划”。

UCSD-SYSU

该校与广州中山大学眼科学国家重点实验室联合研究干细胞治疗角膜疾病，相关成果在《自然》杂志发表。